拿破仑一边走着一边仔细观察这座古老的城市，在观察这座城市的同时，拿破仑也在思考着该如何治理它。
拿破仑可不单单只是想攻下这座城市而已，他真正的目的是要把这里变成法兰西的领土，让埃及变成法国在东方坚不可摧的堡垒。这就意味着拿破仑不能只是单单粗暴的对这里进行剥削统治，他需要赢得这里的民心，让他们拥护自己。
于是在攻下开罗的第二天。拿破仑便着手对开罗这个城市进行了“改造”。
首先，拿破仑建立了管理国家的严密制度，消灭了封建生产关系，从立法的角度保护私有财产和工商业者的利益，规定了税收体制，建立了警察制度。他对阿拉伯人的信仰极尽保护，对回教给予了充分的尊重，宣布清真寺和僧侣神圣不可侵犯。
可以说，拿破仑在对埃及实行军事独裁统治时利用了宗教。拿破仑说要把阿拉伯人从马穆鲁克骑兵的下解放出来，但阿拉伯人并没有对这种解放产生兴趣，相反他们以沉默表示了自己的抵制态度。拿破仑到达埃及之后，就创立了当时的学术和改革了政治，引起很大的反响。埃及，这个科学和学问的发祥地，在遥远的古代曾用它的学术丰富了野蛮的欧洲人的生活。但自从被阿拉伯征服以来，它几乎经历了寂寂无闻的1100年之久，而现在又由于这些学术的应用而得到开发并且重现光辉。欧洲人文化上受过埃及莫大的恩惠，如今主要靠拿破仑所创立的事业来报答了。他名垂史册、受人景仰的原因很多，这可以说是其中之一。与拿破仑这种包罗万象的奇才相比，即使是他最有才干的显赫敌手，也相形见绌！
拿破仑在着手对埃及的宗教文化进行改革时，也并没有忽视埃及的政治。首先他找了一群心向于他的埃及当地人，然后利用这群当地人组成了一个行政会议。作为商讨和公布他的主张意图的机构。每日商讨关于公共秩序及粮食供应问题。他接着召集了一个全埃及的国务会议，并为各省建立了较小的行政会议。
拿破仑向这些机构征询对司法和税收问题的意见。在行政机构中他采用了东方人使用的术语名称，以此避免。埃及人对他的行为产生抵抗心理。
随后拿破仑实施重新分摊捐税份额的本领，就让充满死气的埃及重新焕发了一次活力，使埃及能够经受住法军不断征发的负担。他设立了一个造币厂和一家埃及商业公司，这也促进了这个新殖民地的福利。
在经过了这些政策之后，不管任何人都已经明白，埃及的大权已经被掌握在了拿破仑的手中。
但这些形形色色的辛劳工作并没有耗尽拿破仑的精力。在前往苏伊士的旅途中，他在沙漠里遇见了一支骆驼商队。他注意到骆驼奔走迅速，因而决定成立一支骆驼骑兵。拿破仑这位天才，甚至在贝督因人自己的沙漠里，也制服了他们，这使得贝督因人也不得不为之折服。