却说交州梁龙、孔芝叛乱，朱儁受命平叛，与孙坚定下奇计，明修栈道，暗渡陈仓，先是分兵两路，一路进逼交趾，一路进讨南海。哪知朱儁、孙坚二人一路鼓声大作，惟恐贼匪不知，直至朱儁进抵交趾，才安营扎寨，据守不出，任凭梁龙如何讨战，就是不出。
朱儁随后遣使者四处招抚，南海从事士燮料定孔芝难以成事，随即归降朝廷，与朱儁相约里应外合，夺取番禺城，断了孔芝归路。朱儁本就与孙坚议定，由孙坚引孔芝出城，朱儁趁机率军攻克番禺城，夺取贼军粮草，以解去己方粮草之忧。朱儁闻报士燮归降，真可谓是意外之喜，遂趁夜率精兵出交趾，袭取孔芝老巢番禺城，进而派兵征讨南海郡各县贼寇。
而孔芝被孙坚杀得溃不成军，一路逃至番禺城外，得知士燮归降朝廷，与朱儁夺占番禺城，又恨又惊。一番辱骂，哪知士燮早奉朱儁之令，诛灭孔芝三族，将人头抛到城下，孔芝顿时哭得稀里哗啦，伤心至极，差点昏厥过去。
“士燮，我自征调你入南海郡就职，礼遇有加，从未有过怠慢之处，你为何如此狠毒无情，杀我三族？”孔芝抹去脸上泪痕，双眼泛着血红，抬首怒瞪城头上的士燮，怨忿骂道：“你这忘恩负义之徒，今日你杀我三族，明日你士家子孙也不得好死。”
“杀”
正待孔芝咒骂之际，忽而番禺城外杀声四起，孔芝四下一瞧，只见一杆朱字大旗映入眼帘。士燮见朱儁兵马已至，当即整点城中军马，出城夹攻贼军。
孔芝本就剩了不足千人，且士气低迷，哪敌得过朱儁麾下精锐，不出片刻，贼军纷纷跪地请降。孔芝领着十余骑往西逃窜，欲前去投奔梁龙，奔行至数十里的河汾谷，正遇迎头而来的孙坚。
“孔芝逆贼，朱刺史早料到你会前去投奔梁龙，某家孙坚在此等候多时，还不下马受死”，孙坚喝令一声，程普、韩当、祖茂、黄盖四将齐齐杀出，将孔芝围的水泄不通。
不及片刻，孔芝这十余人就死伤殆尽，孔芝更是被程普一矛打下马来，被孙坚生擒，送至朱儁营中。
番禺城外，七八千贼匪败兵屯聚一处，惶惶不安，尤其是看着周边官军手中亮晃晃的兵刃，惊惧更甚。朱儁傲立城头，冷冷瞥了眼城下衣衫褴褛的贼匪，直至孙坚赶到，一把拧起孔芝奔至城头，甩手一扔，孔芝应声倒在朱儁身前。
“果不出将军所料，孔芝欲逃奔梁龙处，已被末将生擒，请将军发落”，孙坚拱手道。
“哼！这等枉顾圣恩，不忠不义的狗贼，留之何用！”朱儁看也不看孔芝，冷然喝令道：“拖下去，斩首示众，首级遣送洛阳，向天子奏请功劳。”
朱儁话音刚落，左右刀斧手紧随而出，架起哀嚎怒骂的孔芝，来到城下，一刀削去头颅，拾取首级，以木盒封存，送往洛阳。
“刺史大人，如今城外七八千贼匪皆已知罪，诚心悔改，是否依照先前允诺，饶过其等性命”，士燮闻得城下哀求声一片，怎能忍心，况且朱儁也曾许诺降者不杀，忙开口诉求道。
朱儁依旧闭口不言，冷眼盯着城下降卒，一旁的孙坚不屑道：“我等此番平叛，将士多有伤亡，若是饶过其等，三军将士必然心生不忿；况且城下降卒皆是反贼，助纣为虐，今日若是放过其等，助长天下暴民反叛气焰，则朝廷威信何在！”
“文台之言，甚合我意”，朱儁忽而点头笑道：“叛逆之徒，国法不容，人人得而诛之，况且斩草不除根，春风吹又生，今日放过其等性命，则暴民反贼之流，势必以为朝廷软弱，能战则站，战不过便降，保得性命，日后稍有不满，就会反叛作乱，此风不可开，否则后患无穷。”
“然而，刺史大人先前夺占番禺城，曾向城中军士许诺免罪，若是此番违背诺言，屠戮降卒，只怕有损刺史大人声誉”，士燮咬牙再劝道。
“士燮，你先前随同孔芝叛逆，朱将军尚未治你的罪，你却一再包庇乱贼，究竟有何图谋？”孙坚听得士燮还在为降卒求情，顿时大怒，这些降卒的首级，可是将士们的军功，哪能容得士燮得逞，当即恼喝一声。
“我等远离家乡，拼死剿贼，今日怎能凭你一言，就放过反贼”，祖茂怒瞪士燮，冷哼道。
程普转首望向士燮，沉声问道：“士从事，今日放过城下降卒，日后其等再度为祸南海郡，朝廷问罪，不知该由何人担责？”
孙坚等一众武将个个愤愤不平，面带怒色，不住责问士燮，早把士燮吓得不敢再言，朱儁适时劝止道：“诸将不可胡言，士燮忍辱负重，献城有功，理应重赏，至于从叛之说，绝无此事，不可再言。”
“遵令”，孙坚等人忙拱手应是，而士燮得朱儁解围，这才松口气，对孙坚是满心怨恨，转首朝着朱儁感激道：“多谢刺史大人明察，否则下官就要被诬陷以从叛之罪，冤死于他人之手。”
孙坚闻言，又要发作，朱儁忙摆手打断众人，低首瞧着城下降卒，寒声道：“这些降卒，本将虽许诺饶过其等，那不过是权宜之计，然其等皆是反贼，绝不能留与世上，我欲尽数斩首，筑京观于南海郡，威慑郡中群匪，你等以为如何？”
“正所谓‘兵不厌诈’，这等叛逆之徒，将军不必与其等讲信义，杀之便是”，孙坚赞同一声，其他诸将也纷纷附和，士燮也不敢再犯众怒，惟有点头称是。
“传令下去，今夜将这八千贼匪，尽数诛灭，上奏朝廷，为我三军将士请功”，朱儁将令一下，城外七八千降卒随即人头落地，堆砌如山，南海郡中大小贼匪闻讯，或是逃窜他处，或是星夜投奔梁龙去了，由此，南海郡乱事平定。
孔芝既已被诛灭，南海贼匪皆被平息，朱儁整军三日，将那些从贼军中缴获的金银财物、马匹辎重，尽数赏赐与士卒，三军将士得以群情高涨，军心振奋。
几日后，朱儁留士燮安抚南海郡中百姓，亲自移师直抵交趾边界，调集交州七郡兵士，严令剿贼，一齐进逼，进攻梁龙，讨灭余党。兵行数日，朱儁又征调交州各处大族豪强家中私兵，以增强兵力，有郁林郡豪强甘冒、合浦郡豪强江涛、苍梧郡大族张旻（字九公）等人纷纷聚兵相随，其众不下二万余人。